独孤城用红拂送给他的求生铃发出警告,给红拂一昼夜的时间考虑,让她离开李靖,主动回地宫。抱琴明白独孤城对红拂的情愫嫉恨不已,私心不希望红拂回来。为了不让其重返地宫和独孤城身边。她买通了马贼,让他们去跛爷爷的村子,杀死红拂。
明知不敌独孤城,红拂再次劝李靖独自逃离,可李靖却毫无畏惧,将红拂带到自己曾经游历过的古战场,畅谈自己的理想,坚信自己将来一定可以象古往今来的名将一样,写出一本自己的兵法,驰骋沙场,夺得赫赫功绩!独具慧眼的红拂虽然也相信他定能有所作为,但想到独孤城已至,更为忧心两人目前的处境。果不其然,回到村子的两人发现满地狼藉,死尸遍野,马贼正肆无忌惮地砍杀无辜的村民百姓。马贼的血腥和残忍激怒了原本收敛了杀气的红拂,她大开杀戒,不顾李靖劝阻,将马贼全部杀死。红拂杀人的狠辣令李靖侧目,更令村民心惊胆怯。河边,红拂洗净了手上的鲜血,却认为自己注定无法走出暗人的阴影,决意离开。李靖无奈,不知如何劝解。
司空府的门客梁朋看出杨玄感妄图称霸天下的野心,前往投靠。奸狡的他不但怂恿杨玄感追捕红拂,更献计,让其趁机杀死深得杨素重用的独孤城,独得杨素的欢心。杨玄感本就对独孤城非常不满,梁朋的毒计正中他的下怀,逐带领人马追杀红拂和独孤城。
独自离开村子的红拂被李靖拦住,劝她不要对杀马贼一事过于介怀,并说是自己的无能,没能保护好红拂,才让她再次杀人。李靖将所有的错揽到自己身上,请求红拂原谅。他的一片赤子之心和挚诚关怀令红拂震撼,终于留下。为了让李靖对将要面对的敌人有所了解,红拂坦言自己和独孤城的复杂关系。
当年,独孤城杀死了红拂的父母,并将幼小的红拂带到了地宫,悉心教导,将其培养成为地宫最出色的暗人。对于他,红拂一直怀有爱恨交织的复杂的情感。他是红拂的第一个男人,是她的初恋,兄长和师父,但也是他将红拂带入如地狱般的黑暗人生。红拂心中忐忑不安,李靖安慰她言自己定会想出应对之策,不会让她返回地宫。
树林中,窥视着两人的抱琴听到红拂讲述对独孤城的情怀,甚是恼怒,刚要上前,却被独孤城拦住。抱琴一直认为独孤城的心已随为他殉情的妃子死去,他不会再爱上别人。不曾想独孤城竟然再次动情。嫉恨之下,她刻意告诉独孤城红拂是因为爱上了李靖,所以才会逃跑。独孤城大怒,挥剑划伤了抱琴的脸。但很快,独孤城后悔了,他明白抱琴对自己的真心,只是他的心已系在红拂身上,因此,他更不能原谅红拂的背叛,要致红拂于死地的心情去追寻她,不能让她属于别的男人。
梁朋带着杨玄感的军队逼近村子,而李靖和红拂却浑然不觉。为了应对独孤城,李靖在房间里翻看各种兵书战策,想着如何布阵拒敌。看着他为了救自己而全心投入的样子,红拂心动不已,决定将自己的性命以及全部信任他。
黄昏日垂,独孤城为红拂所限定的时辰将到。独孤城看着求生铃,想起多年前,红拂将送它给自己的情景,心底暗暗期望红拂能回头。李靖终没有想到对策,为了救村民和红拂,他让村民和红拂去村外的古战场遗址,排兵布阵,自己则留在村子里独自抵御独孤城,打算以死相拼。
梁朋私调御林军,挑拨杨玄感和杨素的父子感情。让杨玄感抓住红拂后,命她去行宫向隋炀帝告密,诬陷杨素谋反,趁机夺去大司空的宝座。一直活在父亲的阴影下,积怨已久的杨玄感竟然听取梁朋谗言,打算轼父夺位。
红拂和村民去古战场布阵,见四处荒芜,意识到是李靖故意将她调开,正要赶回时,杨玄感的军队赶到,将红拂和村民抓住。
村口,李靖面对独孤城,毫无惧色。李靖武功平平,完全不是独孤城的对手,但他却拼死相博。为了拖延时间,李靖将独孤城引到村中设有埋伏的地方。无奈,独孤城武功高强,势不可挡。李靖边战边退,爱马小呆舍命救主,为独孤城所杀。李靖悲痛不已,独孤城趁机挥剑斩下。危机之时,红拂赶到,救下李靖。原来,杨玄感为了让红拂在炀帝面前指控杨素,故意放她回来救李靖。
红拂请求独孤城看在过去的情义上,放过自己和李靖,但这却更加激怒了独孤城。不愿见自己心爱的女人背叛,独孤城要杀红拂,却被抱琴所拦。混战中,李靖与红拂生死与共,互不相弃。眼看两人性命不保,杨玄感带兵赶到,逼退了独孤城和抱琴,救下两人。
独孤城和抱琴不解杨玄感为何救红拂,但觉事情蹊跷,返回司空府禀报了杨素。杨素脸色阴晴不定,命令手下将杨玄感召回。
杨玄感设宴拉拢红拂和李靖为其卖命。两人虚予尾蛇,实际早已看出杨玄感志大才疏,根本无法成事。暂时脱离危险的红拂为李靖敷药,希望他以后不要为了自己涉险。经历此次生死磨难,两人的感情又深了一层。
杨玄感被迫召回司空府,面对其父心虚不已,百般狡辩。而杨素故作不知内情,暗中却派兵诛杀调拨是非的梁朋。混乱之中,红拂和李靖也终于有机会脱身,逃离了杨素的势力范围。
红拂将小呆的马尾剪下一缕做饰物赠给李靖,潜意生死与共,不离不弃。李靖感动,对红拂的感情已无法割舍。两人沿黄河而上,进入唐国公李渊管辖的山西太原。河边休憩,红拂偶然和在河边钓鱼的李渊次子李世民邂逅。红拂冷艳而独特的魅力令李世民印象深刻,但红拂却对他不太以为意。
李世民返回自己的府邸,发现大哥李建成派来打探消息的尉迟恭等候多时。李世民年纪虽轻,但协助父亲平南征北,从无败绩,名震天下。为免招人猜忌,他故意装作无所事事的公子哥,玩鸟下棋,不露锋芒。但实际上他早已暗中开始筹划,等待时机争霸天下。
虽然摆脱了杨素的控制,但红拂仍感到暗人的阴影存在。为了开解她,李靖带着她四处游历,徜徉在 山水之间。红拂看着李靖,心潮起伏。 李靖坚信人性善良多过邪恶,想法有时过于天真,但正是他这种宽厚质朴的美德,令红拂心动,面对这个宁愿牺牲自己也会救她的男人,红拂感到无比的温暖和安全。
两人在郊野打猎,红拂不忍伤害一只兔子,故意将其放走,李靖知道表面冷若冰霜的红拂其实同自己一样,是个非常善良的人。田园牧歌式的生活将彼此的心拉在一起。李靖向红拂告白,希望红拂能够永远和他在一起,做他的妻子,他会一生一世爱护她,陪伴她,为其遮风挡雨。本以为这辈子不会再哭的红拂,泪水如决堤一般,从此宣告她暗人生涯的彻底结束,她深知自己的未来的命运与李靖已经再也分离不开了。
炀帝行宫前,忠臣胡斯政长跪不起,苦谏炀帝,言杨素势力太大,日后恐怕会危及朝廷,图谋不轨。萧皇后认为这只是一些人妒忌杨素得宠,眼红而已,而炀帝虽然担心胡斯政的顾虑会成为事实,但表面无动于衷,最终,令胡斯政一命呜呼。碰巧,在梁朋的挑拨鼓动下,杨玄感做出极为悖理的决定。向炀帝告密,诬指父亲有意叛变。炀帝吃惊非小,但是经过慎重考虑后,他颁旨将杨素赐死,并且派了杨玄感亲自去执行圣旨,大义灭亲。炀帝身边的福公公向杨素密告这个消息,杨素气愤不已,没想到自己痛爱的亲生儿子竟然欲置自己于死地。
返回地宫的抱琴被阴世师治好了受伤的脸,然而她自己却不愿伤痕消失,认为那是独孤城给她留下的记号。尺素见她爱独孤城几乎疯狂,故意拿出独孤城心中最爱的女人,娴皇妃的画像,让抱琴以皇妃的容貌,讨取独孤城欢心。抱琴采纳,假扮皇妃,勾引独孤城。然而最后还是被独孤城识破,自取欺辱。
忌惮独孤城武功高强,杨玄感和梁朋模仿红拂的字迹,写信约独孤城城外相见。待独孤城和抱琴骗离京城后,杨玄感兵分两路,令梁朋带兵去封地宫,而自己则亲自去逼父亲饮毒酒自尽。
梁朋带兵攻入地宫,对暗人们大肆屠杀。城外的独孤城察觉是调虎离山之计,担心杨素有危险,连忙和抱琴返回。然而,此时的杨素根本无视于面前杀气腾腾的杨玄感,镇静地与颁旨而来的福公公寒暄,显然早做好防范。心虚胆怯的杨玄感意识到自己大势已去,跪地哀求父亲原谅。而杨素也以为自己掌控全局,不想福公公宣读圣旨,竟是赐死杨玄感。出乎意料的杨素脸色沉了下来,为了救儿子的性命,他将毒酒到在福公公的口中。