李靖告知李世民虬髯客的隐退和瓦岗的巨变,世民感慨不已,问李靖下一步的打算,李靖言要去寻找红拂。世民被李靖的痴心所感动,但劝他暂时先放下私情,帮助自己平定江山,为百姓,也是为红拂建立一个太平天下。李靖感念世民知遇之恩,同他畅谈战策局势,两人惺惺相惜。
平阳无法摆脱李密带给她的耻辱阴影,痛苦不堪。程咬金本想逗她开心,却弄巧成拙,招来一顿训斥。看着平阳的背影,咬金莫名其妙,不知发生了何事。
自从杨素兵败,司空府声势一落千丈,家仆纷纷携财离去。而杨素再也不复当年的神勇,眼见身边只剩绿羽服侍,感慨万千。守春、怀香等暗人见杨素大势已去,将牛毛针打入阴世师体内,胁迫他交出解药。不愿见这些自己制造出的暗人背叛离开,阴世师使毒与他们同归于尽。败落的司空府内,满目凄凉,战奴和尺素紧紧依偎在一起,对眼前一切毫无感觉,也没有半点离开的意思。
李靖和世民相谈甚欢,引为知己。程咬金暗暗提醒李靖去寻找虬髯客留下的宝藏。两人找到宝藏,咬金本想私留,李靖却要献给李世民,助其平定天下,拯救万民。咬金虽不甘心,但最后还是赞同李靖,返回嵩山少林,正式追随秦王。世民大喜,竟然提出将平阳许配给李靖。众人皆惊,各有心事。
程咬金不愿平阳他嫁,却无法坦白自己的感情。而平阳深知李靖的心中只有红拂,不欲勉强,主动向李靖解释。李靖明白平阳的心事,劝慰她不要对以往的事介怀,一切都是李密的错。程咬金正好路过,听到,怒不可遏,抓起板斧就要找李密报仇,被李靖和世民拦住。这时,建成派兵围攻少林,要秦王立刻返回唐营,否则就以谋反论处,格杀勿论。世民明白返回去就是死路一条,带领众人奋起抵抗。
为了借刀杀人,建成送信给杨素,让他派兵围杀世民。看出建成伎俩,杨素断然拒绝。此刻在他的心中只有儿子玄感,其它的一切都不重要。杨素将自己珍藏的可买下半壁江山的宝库钥匙交给玄感,可是,痴呆的玄感却浑然不觉,视之为玩物。杨素心中悲凉,将玄感托付给尺素,让她无论如何都要保护好玄感,尺素答应。
平阳准备下山对敌,程咬金忽然将她拉住,表白了自己的感情,并言这次阵仗结束后,就会向世民提亲,娶平阳为妻。平阳既震撼又感动,两人生死同心,一起征战沙场。
敌众我寡,山下形势告急,秦琼和咬金等人拼死抗敌,也只能维持半日时间。众人将所有希望都寄托在李靖身上,希望这位饱读兵书的‘鬼将军’能想出应对之策。然而,李靖死翻兵书,想不出半点方法。世民失望,烧毁兵书,反而点醒了李靖,想出了一个破敌妙策。
李靖利用天时地利,让程咬金和尉迟恭分别装作逃兵故意让建成和李密两拨人马俘虏,引李密和建成入密林,让他们相互攻击。程咬金领命而去,平阳深情地告诉他会等他回来.果然,咬金被李密抓住,骗说秦王已经战死,自己所以要逃。李密将信将疑,要杀咬金,咬金却拿出一些金银珠宝,说出虬髯客所藏的宝藏一事。李密见财起意,让咬金带路,去挖宝藏。
李靖运筹帷幄,站在山头祈祷红拂能保佑自己。似乎有种心灵感应,远在千里之外的红拂心中隐隐不安,看到腰间的马尾毛做的饰物,不知从何而来。
程咬金将李密,尉迟恭将李建成的军队引到满山大雾的山林,由于看不清双方的具体情况,两队人马都以为对方是李世民的部下而厮杀了起来。程咬金和尉迟恭却趁乱,打马而去。想到要为平阳报仇,程咬金让尉迟恭去给世民报信,自己则返回战场。建成的军队以为世民有援兵,只得收兵离开,而李密的军队则是群龙无首,四散逃逸。眼见计策成功,李靖和世民欣喜万分,清点人马,发现程咬金独自一人去追李密。
程咬金拦住逃跑的李密,两人打斗在一起。虽然程咬金气势逼人,但是他只有三板斧的功力,一味蛮干,最终还是被李密制住。李密羞辱咬金,并说道平阳之事,咬金悲愤不已。李密刚要将下杀手,虬髯客赶到,救下咬金。新仇旧恨,虬髯客招招夺命,终于将这个恶贯满盈的卑鄙小人击毙。虬髯客让咬金不要再浮夸行事,脚踏实地,做出一个真正顶天立地的男人。说完,飘然而去。
世民军大胜而回,平阳到处寻找咬金的身影,见到他安然无恙,喜极而泣。而程咬金却告诉平阳李密非自己所杀,不配和公主一起,黯然离开。
红拂拿起那个马尾毛作的饰物问是否独孤城相赠,独孤城否认。他带着红拂去河边游玩,却让红拂耳边却想起李靖曾经对她说的话。独孤城向红拂求婚,红拂认为他就是自己心中的爱人,欣然应允。
虬髯客来到司空府,要杀杨素为李世民和李靖清除心腹大患。杨素不是对手,被其打伤吐血。尺素绿羽和战奴玄感舍命上前相救,背杨素逃跑。不愿连累儿子,杨素让战奴将自己丢下,独自抵挡虬髯客。然而,血脉相连,战奴去而复返,和虬髯客相斗。虬髯客不愿再和战奴纠缠,痛下杀手,然而,尺素却飞身扑在了战奴的身上,为其当住了致命一击。看着一死一伤一个没有思想的怪物,虬髯客感慨不已,隐去。一代枭雄呼唤着儿子的名字,含恨而逝。
独孤城七日之命走到尽头,他最后教红拂一套剑法,在红拂怀中,吐血而亡。他留了封信,让红拂去找李靖,去找她的幸福。
返回晋阳的建成和元吉将唐军嵩山失利的罪过推给李世民,而世民却回来禀报已经将李密杀死,收编了瓦岗寨众将。李渊大喜过往,世民又请命,带兵占关中,攻长安,占洛阳,完成李唐一统天下的大计!李渊应允,命世民为帅,平定四方。
见兵权落在世民手中,建成和元吉嫉恨不已,但又无可奈何。
李靖跟随世民麾下,多年的抱负,终于得到了施展之地。如红拂所期望的,他协助李世民攻入长安,平定了天下。李靖和世民来到杨素司空府,两人都思念着红拂,感慨万千。李靖向世民请辞,打算天涯海角去寻找红拂。世民明了,但说大将军的职位会为李靖而留。然而,当他们走出司空府,发现建成将司空府占为己有,变成了太子府。见秦王声望日隆,太子建城和元吉猜忌不已,不顾手足之情,偷偷派刺客暗杀世民。幸亏,世民武功高强,打退了刺客。魏征劝世民早做应对,世民点头,心情复杂,明白一场手足相残已不可避免。
离开长安的李靖和赶来寻找他的红拂擦肩而过。经过磨练,程咬金已非过去的小混混,而是一个令人敬仰的将军。他指挥士兵为百姓发放粮食,忽见到红拂走过,忙上前拦住询问。然而,红拂已不认得他,只说要去找李靖。
建成和元吉为了夺回世民兵权,言天下已定,无需世民占着帅印。世民欣然听命,将帅印交出,没想到,魏征却说有江南叛乱,需要建成以大唐太子之威前去征讨。建成无奈,只得和元吉领命出征。明白是世民故意为之,两人恼恨不已,誓要除掉世民。
程咬金将红拂带到秦王府,世民惊喜不已,却发现她已经失忆。红拂问他是否李靖,世民犹疑,默然无语,将红拂搂在怀中。以为他就是李靖,红拂安心。平阳见此情景认为世民不该欺骗红拂,对李靖不公。而世民却不愿放过这个留住红拂的机会。
红拂拿出马尾饰物问是不是世民送的,世民不悦,刻意引开红拂的注意力,私心并不希望红拂想起以前的事情。咬金来见红拂被挡,不解世民为何将红拂守起来。他和平阳相遇,两人气氛尴尬,平阳放下公主身份同咬金说话,咬金却处处回避。误认为咬金轻视自己,平阳掩面而去。
平阳努力帮助红拂恢复记忆,想到她曾是司空府的官婢,便将红拂带往太子府。看着周围,记忆的一些碎片闪现在红拂的脑海中,想起以前杀人的片断,红拂惊恐失措,如孩子般痛哭失声。世民赶来,见红拂晕倒,忙抱起她离开太子府。
太子府门口,被咬金带来的李靖见自己的妻子红拂被世民抱着,气氛尴尬。回到秦王府,醒来的红拂将李靖推开,言自己并不认识他。李靖心痛不已,拉住红拂说出自己的就是李靖。