面对心存疑虑的林文馨,清醒之后的魏明华决定将一切都告诉她,他不想再对心爱的人隐瞒此事。他把自己的一切告诉了林,林文馨非常震惊,她首先不敢相信这一事实,又痛恨最信任的人为什么一直瞒着自己,责怪魏明华对自己的欺骗。如果这时候跟林文馨有扯不清的关系,因为自己的身份问题,将来不知道组织上会对林怎么处分,为了不连累林文馨,魏明华提出与林文馨分手。林文馨觉得魏明华不仅欺骗自己,说分手又是如此的轻易和草率,倍感痛苦和失望。
在家休养的杨小欧因为行动不便而沮丧、绝望,又怕徐忠海瞧不起自己,对自己的将来失去信心,徐忠海坚定的陪在她身边帮她解决各种难题。最后不得已,杨小欧被送离高原,做进一步的康复和治疗。
魏明华不想再对组织隐瞒自己的身份了,他愿意承受这一切带来的后果,他毅然将自己的一切告诉沈毅,沈毅听到他的交代,大发雷霆,怒不可遏,最后只能将魏明华交给组织审查。冷静后的沈毅非常了解魏明华的人品,他是真正的看着魏明华一路是怎样走过来的,他与其不仅仅是上下级关系,有时候对彼此的作风还互相敬佩,所以沈毅从爱护的角度向组织阐明对魏明华的看法,希望组织才爱惜人才、从国家任务的高度慎重处理魏明华。
无论怎样,魏明华的身份问题在基地绝对是大事,谁也不敢保证魏明华到底是怎样一个人,特务、苏修还是仅仅像表面上交代的那样?魏明华最终还是被调查组的人带走了。这么长时间的感情,林文馨凭直觉相信魏明华,她找到沈毅,声泪俱下的求沈毅帮助魏明华,沈毅此时也无计可施,只能静观其变。
就像魏明华预计到的,林文馨最终也没脱得了干系,因其与魏明华的恋人关系也被工作组暂停工作。关键时刻,面对工作组对魏明华的质疑,林文馨义正严词的为魏明华作辩护,可这些挽回不了魏明华被审查的局面。工作组的调查是很正当的,因为谁都清楚他们从事的是国家最高机密的事业,不容的丝毫马虎大意,因此最后沈毅也必须被调查停职。
按照组织程序,凡是跟魏明华有接触的人必须接受审查,当然童素云也不能例外,调查组找到童素云,告诉她因为魏明华的身份问题,她不能继续留在基地工作,要童素云先回老家等消息,童素云不相信这个事实,自己的哥哥是战斗英雄,怎么会出问题呢,她不但坚决不走,还与调查组的人大闹一番。
林父病逝后,林母放心不下文馨,也挂念沈毅,再次来到青海基地探望,为了不让母亲担心,大家都向林文馨的母亲隐瞒魏明华出事的消息。而这时恰巧碰上童素云想不开喝农药的事,好在经过抢救没有生命危险,林母主动照顾脆弱的童素云,最后她从童素云口中得知了魏明华被带走审查的消息,林母忧心忡忡。
杨小欧重新回到基地,腿上还按了假肢,渐渐可以自由的活动,耐心的徐忠海天天陪着杨小欧练习走路,锻炼身体,两人的生活逐渐摆脱了往日的阴影。杨小欧也闲不住,主动要求复工,在徐忠海的帮助下重新回到了工作岗位。
得知童素云将此事告诉了自己的母亲,林文馨非常担心母亲着急。她想让童明白事情的道理,于是找到童素云,向她表示如果她真爱她的哥哥应该理解上级的决定,每个人都需要尊重,如果李群不主动交代自己的身份,那对真正死去的魏明华是不公平的,现在李群主动坦白自己的问题是明智的、勇敢的,让人敬重的。童素云渐渐明白了其中的道理。
自己的青春搭在这里,儿子牺牲在这里,而魏明华又出了这种事,是不是将女儿的一生也毁在这里呢?文馨从小跟着自己受了那么多苦,林母坚决不允许她再走自己的老路,于是决绝的要带林文馨离开基地回北京,林文馨与沈毅联合起来也无法说服林文馨的母亲,双方僵持不下。
经过一年多的学习,卓玛从医学院回来了,准备到基地医院工作,在请沈毅帮忙安排的时候,发现沈毅已经不是厂长了,而是在炊事班帮忙,她这才清楚基地里发生的事情。
调查组的工作有了新的突破,上级领导告诉沈毅,魏明华的问题已经查清,他交代的问题基本属实,林文馨与沈毅因为配合调查组的工作且自身清白,均被恢复工作,上级也从基地需要人才的角度出发准备给魏一次机会,将他调回基观察。
沈毅把上级的决定及时传达给正在劳动牧场工作的林文馨,林文馨很兴奋,但她最挂念的还是魏明华的情况,沈毅告诉她,魏明华也要回基地,不过要暂时在后勤打杂,林文馨替魏明华感到惋惜,她觉得魏不应该受到如此待遇。当沈问起林如何再处理两人关系时,林坚信魏明华的人品,毫不犹豫的表示不愿离开魏明华。
林文馨相信困难是暂时的,她打定主意,一定和魏同甘苦、共患难,把事业做好,将来组建美好的家庭。她主动找到在后勤部打杂的魏明华,对其十分关心,但热脸贴了冷屁股,魏明华的态度却始终很冷淡,并与林文馨保持着一定距离。林文馨知道魏的心结,他不想再连累自己,于是再次找到魏明华,称自己愿意与他一起面对所有的困难,魏明华却说自己没资格接受林的感情,再次拒绝了林文馨的好意,林文馨茫然若失。
徐忠海和杨小欧的儿子百天,请林文馨、魏明华等人前来庆贺,魏明华却始终挥不去心头的乌云,没有勇气面对自己的过去特别林文馨真挚的感情。沈毅特别担心魏明华就此一蹶不振,警告魏明华慎重对待自己女儿的感情,希望他挺起胸脯、振作起来,魏明华苦笑着离开。
实验进入倒计时,林文馨被派往另外的基地参与实验。临行前,林文馨没忘记跟魏明华辞行,她拿着刚织完的毛衣送给魏明华,希望等自己回来的时候,魏明华能给自己一个明确的答案,魏明华却依旧对林文馨非常冷淡、视而不见。
要彻底终止一段感情,最好的方法无疑是移情别恋,与别人结婚。为了不再让林文馨受牵连,彻底断绝她和自己的感情,魏明华找到已回到基地恢复工作的童素云,很武断的提出想和童素云结婚。童素云很明白魏明华的想法,他这是在利用自己来忘却和林文馨的感情,她觉得自己成了垫背的,非常不满魏的草率。
在基地,带一定辐射剂量的金属球切割技术成了最大难题,切割危险系数高,难度大,每刀不超过头发丝的五分之一厚。找不到合适的人操刀,工作陷入困境。经过艰难抉择,徐忠海推荐自己的妻子杨小欧负责这项任务,因为她是跟随这台机器来到基地的,对机器最熟悉,她是最佳人选。可这个决定遭到杨小欧的强烈反对与抵触,她只有一条腿,还长时间没操刀了,最关键的是她有了孩子,心里压力很大。经过徐忠海的耐心开导,她认识到国家的任务大于个人和家庭,她必须担起这个重担,最终杨小欧不负众望,圆满的完成了这个任务。