Amanda派遣前组织特工Anne(Sarah Allen)前往一家俄罗斯监狱解救被囚禁的Owen,但Owen设法逃离了Amanda的魔掌,并将自己已获自由的消息传递给Nikita。Nikita迅速找到Owen,Owen怎么也不敢相信Nikita已经重回「组织」。无论如何,他还是跟随Nikita返回了组织总部。Michael和Ryan都不信任Owen,但Nikita坚决维护Owen的立场。另一方面,Alex与Owen重逢后,两人的心情都很复杂。
「组织」发现潜伏了六年的叛逃特工Markov(Jonathan Goad)竟然被选为乌兹别克斯坦总统,而且正计划杀害美国总统(Michelle Nolden)。众人要求Ryan立刻通知总统加强安全保卫,Ryan这才说出实情:这位女总统对「组织」早已深恶痛绝,要不是Ryan竭力阻止,只怕她早就下令铲除「组织」了(她不愿意让公众知道这个秘密机构的存在,更不愿意让公众知道叛逃特工的存在)。Nikita和Michael对Ryan长期隐瞒这个重要秘密颇为愤怒,现在他们只能想办法暗中保护总统的安全,同时又不惊动她。另一方面,Alex和Owen遭遇一次爆炸事故但侥幸逃生。他们怀疑这是「组织」的内鬼所为,决定联手展开调查。
看Nikita和Michael抓住了一个名叫Cyrus(Isaiah Mustafa)的军火贩子,发现他正为Ari(Peter Outerbridge)购买一种能够干扰武器信号的装置。Nikita劝说Ryan同意他们拿Cyrus做诱饵,将Amanda及其党羽一网打尽。Cyrus设法摆脱了Nikita等人的控制,溜回Amanda身边。Amanda出卖了Cyrus,他唯有倚仗Nikita才能活下去。与此同时,Birkhoff积极寻找Amanda安插的间谍。