平安夜在极寒之地俄罗斯,一种病毒被研制成功了。一个叫做玛雅的女人杀了从神秘组织来的男人,从其手中夺走了病毒,她的目的是在日本引起病毒恐慌。计划的关键词是“血色星期一”。警察厅成立了秘密调查小组THIRD-i,为了破解间谍留下的暗号,找到在弥代学院高中部就读的高木藤...
藤丸和音弥看了俄罗斯引起病毒恐怖行动“圣诞虐杀”的录像,怀疑画面中出现的女人就是生物老师折原玛雅。为了确认真伪两人潜入了玛雅家。玛雅得知藤丸发现了自己的本来面目,对他举起了枪。间不容发之际,THIRD-i的成员赶到,成功就出藤丸等人,并逮捕了玛雅,开始询问恐怖组织...
藤丸被玛雅带着去了一家餐厅,并终于得见恐怖集团的首脑J。J更告诉藤丸一个令他难以置信的消息,原来藤丸的爸爸龙之介也早已加入恐怖集团,J试图图说服藤丸也加入他们。J的说词让藤丸非常难过,突然餐厅内有顾客中毒倒下,围住餐厅的就警察都慌了手脚,反而藤丸冷静异常指出客人都...
玛雅说出被杀害的敷村教授电脑里留下了抗毒药剂处方的线索,藤丸和加纳、南海等人一起前往线索指出的地点。到了地方藤丸回忆起是家人曾一起来过的地方,最近敷村教授把这里利用起来做成了研究所。但藤丸等人一起前往这个地方的消息,却传到了恐怖分子的耳朵里,眼看藤丸等人又要面临巨...
在和潜入学校的恐怖分子一番争斗后,藤丸等人终于拿到了解毒剂。但小英已经飞快开始出现中毒迹象,并很快倒下没了气息。藤丸认为小英会死都是自己的责任,感到悲痛万分。另一方面,J带着手下袭击了拘禁神岛紫门的拘留所,并成功救出教主,最恐怖的病毒计划血色星期一终于要开始执行了...
终于恐怖集团首脑K出现了,她居然就是和藤丸同属学校新闻部的真子。真子希望藤丸协助自己,并把枪口对准了他。然而射向藤丸的子弹打进了龙之介的胸膛,K和玛雅都慌乱地逃走了,藤丸和龙之介得到了THIRD-i的保护。恐怖集团决定打开“珠宝箱”完成他们最后的目标,在错综复杂的...